موسسه نفحات در عرصه آموزش و ناظر به نیازهای جامعه نخبگانی اعم از طلاب، دانشجویان و دیگر اقشار فرهنگی، دوره های متنوع آموزشی در سه عرصه کلان فلسفه، عرفان اسلامی و معارف اسلامی را طراحی و اجرا کرده است. این دوره ها به صورت مجازی و نیز حضوری و برای براداران و خواهران در چهار سال اخیر برگزار شده و در حدود 2000 نفر از طیف پیش گفته مخاطب آن بوده اند.
این موسسه توان آن را دارد که در همین راستا دوره های معارفی- حکمی را برای مخاطبان فرهیخته در اصناف خاص نیز طراحی و اجرا نماید.
طراحی دوره المپیاد در حیطه دانشهای عقلی نیز از دیگر کلان فعالیتهای این معاونت بوده است.
